味极苦，性大寒，专入手少阴心经，清心退热，泻火除烦，凉心寒肾，苦燥泻火，但不似大黄之能生津润燥，润滑大便也。黄连的主要方剂：
1.《伤寒》黄连汤：黄连三两，桂枝三两，甘草三两，生姜三两，人参三两，半夏半升，大枣十二枚。
本方治太阴伤寒，胸中有热，胃中有寒气上逆，腹中痛欲呕吐者，以中气虚寒，君火不降，胸中有热，而至腹痛、心烦、呕吐等证。姜夏等温中止呕，黄连清心君之火而泻热烦也。
2.黄连阿胶鸡子黄汤：黄连四两，黄芩一两，杭芍药二两，阿胶三两，鸡子黄二枚。
用水五升，煎取二升，去渣，阿胶烊化（以水蒸化），鸡子黄搅入，温分三服。治少阴病之热化证，心烦不得卧，脉沉而细数。君火上亢，则心烦而不得卧。缘坎水根于离阴，燥土克水，消耗心液，神宇不清，是以生烦。黄连清心君之火而除烦，芩芍清少阴相火而泻热，阿胶、鸡子黄补脾精而滋燥土，鸡子黄补离中之气，阿胶补坎中之精而交心肾之阴。温证热甚灼阴，身热不退，虚烦不得卧，服之则安静烦止，脉静身凉，效如桴鼓。还有五泻心汤，葛根黄连黄芩汤，白头翁汤，乌梅丸方，时方之黄连解毒汤，犀角黄连汤，三黄石膏汤等等方剂中，都以黄连为主要作用而清心君之火也。
干姜芩连人参汤：干姜，黄连，黄芩，人参各三两。
本方治厥阴证，吐下后，食入即吐。厥阴病，本自寒下，医复吐下之，寒格更逆吐下，以中气虚寒脾陷为利，相火升火而生上热，芩连清泻君相之火以除烦热，参姜温补脾胃之气以止吐利也。
白头翁汤：黄连，黄柏，秦皮，白头翁各三两。
本方治厥阴下痢后重，渴饮水者。
乌梅丸方：治厥阴阴证，蚘厥吐蚘，心中疼热，皆用黄连以清心君之火，顺接阴阳而止心中疼热。
用黄连的方剂尚多，方书中记载可查，不再多述。
仲景用黄连清上诸方，多与温中暖下之药并用，此一定之法也。凡泻火清心之药必用黄连，但中病即止，不可过剂，过则中下寒生，上热愈甚，庸工不解，以为久服黄连，反从火化，真可笑也。在邪热重，心火旺时，服之固效；若阴寒盛，虚火浮，君火不降，上热下寒者慎用。真阳素虚体弱无神者禁用。否则，服之则虚火愈浮，而至龙雷上奔，阳飞离根而死矣。
吴佩衡 时年七十三
一九五九年六月 于云南中医学院