指挥系统
主要由大脑构成，担负思考及指挥身体的机能，但是各个脏器的运行，并不是由这个系统所指挥。指挥系统是利用神经系统将人体各部位的状况传达到大脑，并将大脑的指令直接传达到人体的各个部位，让人体能够对各种外来的刺激做出迅速的反应。
许多低等生物并没有大脑，这些生物没有逃亡和攻击的能力，只能无意识的活动，多数的行动均很缓慢。但是这些生物都有和人体五脏六腑类似的脏器功能，能够呼吸、吸收营养、排泄废物等。这说明了大脑可能是生物进化过程中，为了适应外界环境，能够快速运动时，才产生的脏器。
在人体的网络结构中，大脑更像是一个企业计算机网络中总经理（CEO）的终端机，而不是网络中的服务器（Server），各个脏器则更像是网络中不同功能的服务器。
也就是人体的大脑更像一个人体系统的使用者，人体的系统维护则另由负责的机构。
能量供给系统
任何一个独立的系统必定存在着一个能量供给的子系统。例如，计算机的电源供给器和汽车的油箱和油路系统，人体也必定存在着类似机能的系统。
不过人体的能量供给系统并不像计算机和汽车一样具备明显的硬件。电能和汽油都是很容易使用的能源，但是人体所吃进去的食物种类非常多，也不是可以立即当成能源使用的物质形态。因此，当这些材料进入人体之后，必需经过非常复杂的处理手段，才能转变成类似电能和汽油般容易利用的能源，再送到身体的各个部位使用。因此，人体的能量供给系统也就远较汽车和计算机复杂得多。
人体的能量供给系统是由消化系统将食物转化成人体可以运用的材料，再于适当的时辰，人体进入熟睡状态时，将这些材料转化成人体可以方便利用的血液。因此，人体的能量供给系统就是消化系统加上造血系统和心血管系统。
就像汽车没有油或油路不顺，或计算机没有电或电压不足时，都会使系统造成严重的运行障碍，甚至完全瘫痪一样；人体的能量不足也必定会对人体造成很大的伤害，很可能是各种慢性病最主要的原因，更可能是造成多数人死亡的真正原因。
因此，彻底明白这个系统，并找出适当的检测手段，使人体的能量水平能像计算机的电压及汽车油箱中的油量一样，可以随时测量，才能对人体疾病进行正确的诊断，也才能找到疾病真正的原因。同时也要发展出一套可以很简单就提升人体能量的方法，才能有效克服疾病。
资源管理系统
“透支体力”是我们的日常用语，许多人都有持续长时间休息不足的“透支体力”经验。长期透支体力的人当中，有些人感觉体力愈来愈好，也有些人明显感觉体力愈来愈差，但是仍然都能维持身体的正常运转，并没有立即出现严重疾病的症状。
显然人体内部有一个和计算机软件类似形态的资源管理系统，我们目前仍然不知道它的硬件是人体的那一个部份。但是它随时都用最有效的方法调度人体的资源，当正常的资源不足时，会将身体其它形式储存的资源转化为立即可用的资源，提供人体“透支体力”时的能量来源。
我们的经验里，这个系统拥有高度的智能。当人体长期“透支体力”时，可以在尽量不影响人体运行的前提下，从身体各个部位调动资源供人体透支所需，直到所有资源全部用光为止。通常这种“透支体力”的行为可以维持数十年，而人体仍然能正常运行。
当人体在调用储存的能源时，必定会在体内进行特殊的化学程序，将人体的能量进行转换。因此，这时人体的各种检查指针，如血液中蛋白及血醣的含量都会产生变化。
也就是说当人体不断的透支体力时，身体会不断的调整其化学工厂中的各种生产流程，来应付逐渐恶化的环境。许多慢性病所检验出来不正常的化学指针，就代表着身体在不同应变措施下的状态。只有彻底明白人体透支体力时采用的各种不同能源调度方法，才能正确解读身体检查时所测出来不正常指针的真正意义。
古时候中医诊断所用的阴、阳、虚、实等名词，用在描述人体的整体状态时，就是对人体这种能源调度的描述。例如“阴”代表储存的能源，“阳”代表日常生产的血气能量，“阳虚”就代表日常生产的能源不足，也就是中医所说的血气不足，“阴虚”则说明储存的能源正在透支。
另外，“血气”代表日常产生的能源，透支的能源则称之为“火”。“阴虚火重”则说明人体正在大量透支储存的能源，“阴阳两虚”则说明日常生产和储存的能源都快用完了，也就是“血气”和“火”都快用完了。“气血枯竭”就是“血气”和“火”全部消耗殆尽。用这样的方法来解读中医的术语，就非常具体，也不再有任何“玄”的感觉了。
所谓能源的调度，就像公司里的财务调度一样，当财务好时，公司的门面和内部装潢都会随时维持在最佳的状态，各项业务机能也都运行良好。但是当财务发生问题时，必定会紧缩财务的支出，选择不重要的部门，逐一减少资金的消耗。
人体也一样，当血气不足时，就会选择比较不重要的机能，逐一减少资源的供应，这时人体就会出现许多变化。例如当废物清除系统的能量供应被削减时，人体的表面就会愈来愈黑，皮下的垃圾也愈来愈多，有些人表面上的斑点也愈来愈多，有些人还会愈来愈胖（身上的垃圾愈来愈多），这和公司的门面愈来愈旧是一样的。
削减脾脏的供血时，人体的诊断维修系统就暂时减少工作，只对严重疾病做出反应，对较轻微的疾病不再做出反应。许多大量透支体力的人，忙碌的时候长期不生病，一停下来休息就生病。就是休息使血气上升了以后，脾脏的供血增加，就有能力生病了。中国人有一句俗语“小病不断，大病不患；从来不生病，一病就要命”，就是这个道理。
削减肝脏的供血，就会造成血液清洗的频率减少，血液愈来愈脏，牙龈和嘴唇的颜色就慢慢的变黑了，肝里的血慢慢的减少，肝也就慢慢的硬化了。
削减肾脏的供血，送进肾脏过滤的血液减少了，小便的颜色就慢慢的愈来愈清愈淡，最终完全像水一样，就变成尿毒症。多数尿毒症的病人，肾脏可能根本就没有问题，只不过血液总量太少，没有足够的血液分配给肾脏使用而已。
削减肺脏的供血，人体脏器的供水系统发生障碍，脸色就愈来愈黑，而且愈来愈干而灰，人也愈来愈瘦。
当身体不再有可以削减的供血时，只好开始把肌肉组织改变为能量供人体使用，这是就出现糖尿病，这种病人一段时间之后最明显的症状就是肌肉都消失了，这就和公司百年买资产换取流动资金一样。
由于现代人改变了传统的生活习惯以及不当的疾病处理方式，使得人体的能量供应系统出现了问题，人体长期处于透支体力状态之下，能量日渐减少，资源管理系统不断的应变，就产生了现代人各种可怕的慢性病。
例如，甲状腺亢进是中医所说“阴虚火重”的典型症状，也就是长期大量透支体力的结果；糖尿病则是中医所说“阴阳两虚”时的症状，也就是人体的血气和火都己经快用光了，人体开始将肌肉转化为醣份代替不足的蛋白做为代用能源。几乎所有慢性病都可以从资源管理系统的观点找到新的病理，进而发展出有效的治疗或调养方法。
好的中医师可以从这些能源调度的现象对患者的血气能量水平做出正确的判断。对于人体能量状态的观察和描述是中医诊断中第一个也是最重要的手段和过程。虽然传统的中医书上没有提过这个“资源管理系统”，但是在实际的中医概念中，这是人体最重要的一个系统。
当人体经过调养后，血气会逐渐上升，原来减少供血的脏器会慢慢增加供血，这时人体反而会出现许多疾病的症状。
例如新增的血液重新进入久己缺血的肌肉组织，会使人产生全身酸痛的感觉；新增的血液进入肺脏驱赶长期驻留在肺中的寒气时，就会产生和感冒完全相同的症状；新增的血液进入肝脏进行清理工作时，就会出现肝热和小便发黄等和肝病类似的症状，血液中的血脂和各种垃圾也会由于肝脏开始进行大扫除而大幅度提高；新增的血液进入肾脏就会出现小便混浊并且产生蛋白尿的症状…等等。
这些疾病的症状和人体能力不足时所发生的症状非常类似，不是很高明的中医师是很难分辨出来的，西医则将之视为疾病。由于这些疾病的症状是人体进行大扫除的产物，因此正确的治疗应该是帮助人体加快其过程。但是今天的西方医学认为这些症状是人体发生故障所致，因此治疗手段的出发点多数都是纠正人体的错误，结果多数的治疗手段都是直接中断人体的大扫除动作，回到原来血气下降的趋势，人体没有多余的能量进行大扫除，这些症状也就迅速消失，各种检查数据回到了正常范围，就算痊愈了。
这种只治结果，不论原因的治疗方法，就像受了潮的墙，不去把漏水的地方解决，只在外面涂上新漆，看起来很好就算修好了一样，是一种“粉饰太平”的治疗方法，不但对人体没有一点好处，反而经常对人体造成更大的伤害。
诊断维修系统
多数人都曾经在手脚上受过伤，受伤时医生所能做的就是用各种红药水、消毒水、消炎粉涂抹伤口，甚至打破伤风预防针等手段。这些手段都不过是为了防止伤口细菌感染而已。所有伤口修复、组织再生的工作全部都是身体自己做的。在体表上的伤口如此，体内的脏器也必然如此。
这些人体所做的工作，在我们眼里看来好像是天经地义，毫不为奇，深入想想这实在是一件非常复杂的工作。
首先人体必需诊断损伤的位置以及严重程度，再采取正确的措施，让坏死的组织慢慢结成硬痂，覆盖在伤口上，达到保护伤口的作用，接着在痂下方再生出新的组织，所有组织必需和原有周边的组织完全密合。
整个过程极为复杂，会消耗大量的血气能量，整个维修工作的进行，显现了极高的智能和完美的工艺。
当人体血气能量处于正常状态时，这些维修工作都会正常进行着，但是当血气能力不足时，则身体会视自身资源的能力，选择性的执行部份维修工作，对于不会立即危害人体的损伤，甚至将之搁置暂时不执行维修的工作。
中医最大的特色，在于非常注重人体的自我修复能力，并且主要的治疗手段都在透过提升人体的能量，或排除人体维修系统无法正常运行的障碍，来提高人体的维修能力。
就像体表伤口的修复一样，在伤口修复的过程中，伤口会出现红肿、化脓、结痂等现象，体内的脏器修复时，也会出现许多症状，如腹痛、咳嗽、多痰、疲倦感…等各种各样的症状。
中医和西医的区别，在于中医面对这些症状时，首先认为身体是具有极高智能的机体，不太容易出错，这些不正常现象的出现必定有它的道理，通常是某一个脏器的能力不足，或者身体正在进行着某种维修工作。因此，治疗的方法并不是纠正人体的错误，中止这些症状，而是协助人体完成它该完成的工作。
西医则认为这些症状的出现，必定是身体出错了，而且直观的认为就是出现症状的部位故障了，治疗的方法就是中止这些症状。
废物清理系统
人体每一个部位甚至每一个细胞都不断的进行新陈代谢，会不停的排出废物，人体的经络系统则不断的进行废物的运输，当脏器的能力减低，或人体的动力系统发生问题时，都会造成经络的堵塞，而后造成脏器和其相应的经络之间的互相影响。出了问题的脏器造成其相应的经络堵塞，堵塞的经络又进一步恶化脏器的疾病，形成恶性循环。
在每一个人年轻时，血气能力旺盛，身体的废物清理系统正常运行，多数人脸上没有多余的赘肉和皱纹。随着年龄的增长，血气能量日渐衰弱，脸上的及身体的赘肉愈来愈多，皮肤上的斑点也愈来愈多。年纪愈大，脸上和身上堆积的废物也就愈多。
中医有许多治疗经络的手段是在借助外力协助人体进行垃圾的清理，例如穴位按摩和针灸治疗等，都有这种效果。只要身体上的垃圾能够及时清理，就能使身上的赘肉、斑点和皱纹减到最少，加上充足的血气，就可以长保年轻和健康。
从硬件上来看，人体的废物清理系统包括肝和肾所从事的血液过滤工作、肺脏的废气排放、肠胃系统的排泄、皮肤的排汗和排热等。除了这些之外，心脏、脾脏和经络、血管则担负了运输的工作，几乎是每一个脏器都参与了这件工作。
周边功能系统
即四肢五官、皮肤、生殖器官等和外界接触的部位。从中医的观点，四肢五官是各种疾病显现的部位，所有疾病都应归之于五脏六腑，正如计算机周边的输出入接口装置发生问题时，通常都是主机内部出了问题一样。
多数疾病出现的症状都是从这些周边功能系统开始，其实这些症状的原因多数在内脏中，外表的症状只是疾病的结果，许多医生都把注意力集中在症状的消除。不把原因找到，就算一时消除了症状，过一段时间，还是会复发的。
网络系统
人体的机能远比计算机复杂得多，其网络所需传递的不单只有信息，还要担负能量、资源补给、废物输送、防卫信息及资源的输送等。因此，在这个系统方块图中，将之分成几个不同的网络系统。
经络系统
经络系统是中医数千年前就发现的人体网络系统，但是长期以来从解剖学中一直找不到经络存在的证据，直到1998年中国大陆的一个科研小组经过多年的努力，才在物理实验室中找到经络存在的证据。
这个小组发现经络本身具有光纤维的物理特性，同时也发现经络附近的毛细血管呈现平行的状态，经现代流体力学的模型分析，发现其中存在沿着经络方向运行的体液流场。这就能够对中医所说的药物循着经络方向流动的现象做出合理的科学解释。也就是人体经络系统不但具有传递信息的机能，更有运送物质的能力。
经络系统不像人体其它的几个网络，拥有特定的管线结构，而是一个遍布全身由多种不同物质所构成的绵密网络。
这个网络系统的存在才刚被证实，在接下来的这个世纪，随着研究工作的继续发展，相信会发现这个网络的更多机能。
下一节会单独就这个系统做更详细的介绍。
血管系统
这是人体能量供应系统和废物清理系统输送的信道。
神经系统
这是大脑和人体各个脏器之间沟通的系统。大脑透过这个系统，收集外界的各种信息，也透过这个系统指挥人体做各种工作。
淋巴系统
这是一个人体的防卫网络系统，负责侦测各种疾病的入侵，也负责指挥白血球到每一个需要的部位。
用这个方式重新定义的人体系统，包含了硬件、软件和网络的结构，比较合理的说明人体是一个完全独立的系统，同时也更能说明各种慢性病成病的原因。