中国的医学理论和西方的理论对人体系统的描述在根本上有着很大的差异，西医将人体分为各个器官，并将一些相关的器官组成系统，例如循环系统、消化系统、呼吸系统、运动系统、内分泌系统、生殖系统、免疫系统等七大系统。在各个系统之间并没有太大的相关性，各个脏器之间也没有太多的联系，好像每个脏器或系统都是独立的。
中医就完全不同了，中医理论认为人体是一个完整的系统。古代聪明的中国医生发明了阴阳和五行的理论。五行是利用自然界物种不同性质的元素来比拟人体的五种不同的主要器官。金、木、水、火、土等五种元素，对应人体的五个主要脏器：肺、肝、肾、心、脾，其中每一个器官对应一种元素，肺对应于金；肝对应于木；肾对应于水；心脏对应于火；脾脏对应于土。
古代的人类并没有什么解剖学的知识，人体内部的器官对大多数人而言，都是非常抽象的，除了用想象之外，没有什么好的方法来形容。不但器官的形体无法形容，器官的性质和功能就更不容易说明了。自然界的金、木、水、火、土这些元素，多数人都能理解其特性，因此非常适合用来把抽象的人体器官性质解释清楚。同时这些元素的性质，也提供医生们思考和演绎疾病成因的灵感来源。
中医理论认为人体的器官不是独立存在着，每一个器官都是一个系统，包含了器官本体，以及和每一个器官相对应的经络和穴位。这种情形和现代的电灯系统有点类似，器官就像灯泡，经络则像是接引电源至灯泡的电线，穴位则像是接在电线上的开关。包含电灯、电线和开关的完整组合，才能称之为电灯系统。当灯泡不亮时，可能是没有电，也可能是开关坏了，或者电线有问题，或灯泡坏了。而器官功能不好时，可能是身体的血气（能量）不足（就像电灯没有电），也可能是穴位阻塞（就像是开关坏了），或者经络堆了太多的垃圾形成不畅通的状态（就像是电线有问题），或者器官出了问题（就像灯泡坏了）。
中国人有一句俗语，“头痛医头，脚痛医脚”是用来形容医疗技术非常差的医生。当病人出现疾病的症状时，医术高明的中医必需仔细观察病人，利用学自古代医书的技术，以及长期积累的经验，找出疾病的真正根源。例如当我们喝温度很低的水时，如果喝得很急，常常会造成脸部侧面的一条直到额头太阳穴的线状部位疼痛。从中医的观点，那条疼痛的线是胃的经络，因此，这种疼痛代表喝冰水太急时，会伤到胃。也就是这种额头上的疼痛实际上是胃的疾病，胃的经络分布的位置是从头部到脚部左右对称很长的两条线，如果未来在这条经络的头部出现疾病的疼痛时，中医会认定是胃的疾病，但是却可能在胃经脚部的穴位进行针灸。也就是头部的疼痛，有时是要在脚上治疗的，“头痛不一定医头，脚痛不一定医脚”。在古代的中国，如果一个医生只会“头痛医头，脚痛医脚”的话，人们一定会怀疑他医术的能力。
五脏六腑是中国人用了几千年的一个名词，就是指人体的主要器官。中国人把人体内部的主要器官分为“脏”和“腑”两个大类。“脏”是指实心或有机构的器官，有心、肝、脾、肺、肾五个脏。“腑”是指空心的容器，有小肠、胆、胃、大肠、膀胱等五个腑，另外将人体的胸腔和腹腔合并起来是第六个腑，称为三焦。
脏和腑除了在性质上有很大的差异之外，其经络的位置也有很大的不同。所有脏的经络都在手臂和腿部的内侧，以及身体的前侧。腑的经络则在手臂和腿部的外侧，以及身体的背面。当人体面临危险的威胁时，会本能的曲起身躯，所有脏的经络都在身体的内侧，受到了非常好的保护，只有腑的经络暴露在外。相较之下，脏的重要性远比腑重要，如果人的身体真的是造物主所设计，这样的安排是非常合理而高明的。中国人的这种“脏”和“腑”的分类方法，具备了极高的观察力和智慧，
另外，古代的中医还发现每一条脏的经络都和另一条腑的经络紧密相连。例如手臂上肺的经络和大肠的经络分别在手臂的内外两侧，用针刺治疗穴位时，如果针尖到达的位置是经络真正的所在，那么肺和大肠的经络实际上可能只有数毫米的距离。
虽然从解剖学来看，肺和大肠是在完全不同的位置，甚至找不出任何关联。但是从经络上看，这两个器官却是紧密相连的，而两条经络上的各种物理特性，例如温度、导电性、体液流动等，都会互相受到密切的影响。古代的中医就把这两个器官视为相同的系统，称为“互为表里”。
中国的医生们经过几千年的观察，也确认这两个器官发生变化时，经常是同步而且出现同一性质的变化。例如，出现感冒的症状时，在中医认为是肺热的现象（热和寒的症状是中医对于疾病诊断中非常重要的指标），这时通常也会伴随着便秘的症状，中医称这时的便秘为大肠燥热症。
肺与大肠互为表里的情形也发生在心和小肠、肝和胆、脾和胃、肾和膀胱。这种“脏腑互为表里”的归纳方法，把原来的十个器官减少到五个体系，人体系统分析诊断的复杂程度立刻大幅下降。这样也有机会用五行中的五个元素，来描述所有脏和腑之间复杂的相互关系。
除了这五个主要的脏和腑之外，古代的中医还发现另外有四条主要的经络。第一条是在手臂内侧的中心在线，称为心包经，和心包的机能有密切关系，这条经络功能的好坏直接影响血液运行的状态。第二条在手臂外侧的中心在线，称为三焦经，经常会反映胸腔和腹腔的问题，这条经络功能的好坏直接影响“气”的运行状态。第三条在人体躯于正面的中心在线，称为任脉，第四条在人体背面，称为督脉。任脉和督脉与身体所有器官都有关联，是人体最重要的经络。这样大分类只有五脏六腑，每一个脏腑都有一条相关的经络。除了五脏六腑对应的十一条经络之外，另外还有心包经、任脉和督脉三条经络，一共是十四条主要的经络。各个经络还有分支，称之为经别，几乎遍及全身。每条经络上有穴位，针灸治疗时，主要是刺激经络上的穴位。
由于心包和心脏是在一起的，而三焦却和所有其它的腑没有关联，因此。中国人就把所有脏腑称为“五脏六腑”。五脏是心、肝、脾、肺、肾，其中的心包含了心和心包两个系统；六腑则是小肠、胆、胃、大肠、膀胱、三焦。除了前面所说的五脏和五腑互为表里外，心包和三焦则是另一组互为表里的经络。
除了个别脏腑和其相应经络之间存在着紧密的关系之外，各个脏腑之间也存在着非常密切的相生相克关系，中医将之归纳出五行理论。五行理论不但说明了脏腑之间的关系，同时也将各个脏腑和气候变化之间的关系解释得非常透彻合理。
比较中、西医对人体系统的描述，可以看出，西医是从近代的解剖学为基础，以眼睛所见的硬件结构来建立的系统，各个系统都是独立的，系统之间并没有太多的关系。中医则是累积了数千年人类经验所形成的智能，以推理的方式，就整个人体的软硬件结构建立一个具备了缜密的逻辑和结构的系统，因此能够沿用数千年。
在中国古代的书籍中，很少提到“脑”，这也是中西医概念上很大的差异之一。
中医的观点中，人体是一体的，五脏六腑之间互相有非常紧密的关系，而且是经常保持平衡的。除了解剖学所提到的硬件之外，中医更有许多概念性或功能性的系统。例如能量系统、资源管理系统等。这些系统在过去科技不发达，没有仪器量测的年代，由于缺乏数字概念，医书中只能用各种特殊的文字来描述这些系统。如能量系统就用阴、阳、五行、虚、实、血气和火来描述；资源管理系统则用相生相克、平衡及其它的方式来描述。由于这些描述和现代科学精确的数据化用语有很大的差异，使得整个中医看起来成为难以理解的玄学。
从现代工程学来看，以人体这样一个独立运行的系统而言，利用解剖学所建立的现代医学人体系统确很多缺陷，少了许多东西。例如，能量系统是所有独立系统中不可或缺的部分。就像个人计算机中的电源供给系统，汽车上的油路系统和电路系统都是系统中的能量系统，是非常重要的部分，唯独在医学所描述的人体系统中就没有这个部分。
在中医的系统中，还有一个非常重要的部分，就是人体的经络系统，这个部分多年来在解削学上一直都不能被证实，自到1998年中国大陆的一个科研小组经过8年的努力，总算在解剖中找到经络确实存在的证据，发现整个经络系统中最重要的物质是一种生物液晶的材质，同时对某些特定波长的远红外线具有近似光纤维的物理特性，这些新的发现配合20世纪末全球计算机网络的发展，很容易让人联想到人体是否也是由一个网络系统所构成的世界？这些经络物质和电子通信网络中的物质特性如此接近，更增添了这种可能性。
从生物的进化过程中，早期的低等动物并没有大脑，经络系统是这些动物体内主要调节各个脏器的机构。以现代计算器术语来说，这些经络系统本身就具备通讯的功能，一个机体很可能不只一个计算机，也就是说动物的机体很可能不呈只有单一的脑子，而是由很多个不同功能的脑子构成的一个网络系统组成的。这个观点和现代医学认为大脑是人体诸多机能的主宰有很大差别。
人体是具有很高智慧的机体，并月有许多不同的能力，利用现代工程和管理的知识结合对古老中国传统医学的概念，可以仿照计算器的结构，画出另一种人体的结构方块图。
这个方块图将人体分为五个功能方块和四个网络系统，分别详述于后。利用这种人体结构的思考逻辑，可以对多数慢性病理论重新进行界定，发展出新的病理逻辑。再依据这个新的病理逻辑，拟定完全不一样的治疗方案，有机会对慢性病的治疗开创出一条新的途径。