仲景言伤寒主六经，温病条辨则主三焦，三焦之说，灵枢最详，营卫生会篇所谓上焦如雾，中焦如沤，下焦如渎者是也，就此三语观之，其义盖谓身半以上为上焦，身半以下为下焦，中脘胃腑所居之地为中焦。沤，如诗经可以沤麻之沤，有蕴酿之意，谓脾胃腐熟水谷也，水谷既腐熟，糟粕从下而出，故云下焦如渎，谓二便也，糟粕既下行，精华自当上行，如何上行，必有赖于蒸化，然后能输运于四肢百体。蒸则如雾，故云上焦如雾，古人不知胃壁肠壁，皆能吸收滋养料供给各组织，仅凭理想，故云如雾如渎，此原是笼统语，概括言之，初不指一脏一腑，别无深意，亦与病之传变无与，不能与伤寒六经并论，甚为显明。营卫生会篇又云，上焦出于胃上口，并咽以上贯肠而布胸中，走腑，循太阴之分而行，还至阳明，上至舌，下足阳明，常与营俱行于阳二十五度，行于阴亦二十五度，一周也，故五十度而复会于手太阴矣。中焦亦并胃中，出上焦之后，此所受气者，泌糟粕，蒸精液，化其精微，上注于肺脉，乃化而为血，以奉生身，莫贵于此，故独得行于经隧，命曰营气。下焦者，别回肠注于膀胱而渗入焉(以上为灵枢营卫生会篇原文)。细绎文字，颇觉生涩，文并不古，亦非不通，惟骤视之，所纪颇凌乱无次，其云上焦出于胃上口并咽以上，当是从胃上口直至咽喉以上，此处不过是食道，何物循此食道行，营乎，卫乎，经气乎，血液乎，经未明言，如云上焦循此食道行，则语殊弗解，盖谓从胃上口至咽为上焦之一部分，则语意显明，云上焦出胃上口，并咽以上，上焦是何物？殊不能知其命意所在，咽以上三字之下，接贯肠二字，肠之地位，在中脘以下，自咽至肠，中间距离太远，续云而布胸中，则又自下而上矣。脏腑内景，本不易明，似不宜故捩其辞，使读者索解不得，曰走腑循太阴之分而行，更不知腑字何指，其下之太阴阳明足阳明，无一语不生涩，亦在在不可究诘，似闻某医校列素灵为课本，不知教员对于此等处，如何解释，教员纵能循文敷衍，听讲之学生，又若何了解，如云讲者自讲，听者白听，了解与否，双方均非所注意，则其懵懂又足令人佩羡不置矣。
顾虽如此，就生理之形能上观之，灵枢之所言，却自有其价值，不过仍与热病之传变无与。凡人口渴甚，饮水则润，渴非口中干，乃胃中燥，得水而润，亦非口中润，乃胃中吸收液体，几经转折，传之唾腺，唾腺分泌唾液，然后润也，审是，所谓自胃上口并咽以上，自非无故，且不曰至咽而曰并咽以上，是指口中津液尤为显明，凡食物入胃，消化之后，胃壁吸收液体，以资营养，由胃入肠，肠壁亦事吸收液体，以资营养，苟从饮食入胃之后，潜心体察，可以不须剖验而得，且人之感饥饿，不在胃中而在腹部，内经云，胃实则肠虚，肠实则胃虚，故肠胃更迭为虚实，其意若日肠实胃实者病，肠虚胃虚者亦病，欲明肠胃不同实不同虚，故其措词如此，若就生理之形能言之，肠实者，胃不妨虚，肠已虚者，胃则非实不可，感饥饿者，不在胃而在肠，故有枵腹饥肠诸成语，不曰枵胃饥胃也，此则胃肠二宇之所由来，回肠间苟有燥屎，则苦不得寐，其甚者躁烦不安，又甚者神昏詀语。神昏诂语谓是心包络病，乃想当然之语，于实际无有是处。谓是脑筋错乱，亦尚可商。盖燥屎结于肠而不寐烦躁者，乃神经节为病，因肠壁纤维神经与交感神经运动神经皆相通之故，阳明腑证之扬手掷足，囚肠壁纤维神经病，影响于运动神经之故，其躁烦不寐，则因肠壁神经影响于交感神经之故，交感神经，听命于神经节，间接受治于大脑，故曰神经节为病，神经节者，胸中之事也，此病之形能也，因病之形能以推测生理之形饀，则知食物入胃，必下于肠，入肠之后，其影响最著者在胸中，必有其输送精微之道，故曰上焦如雾，布于胸中，此布胸中三字之所由来，然则此一节文字译之为今人通用文字，当云上焦从胃上口上行至于咽以上，从胃中部下行至于肠，仍输送其精气布于胸中。
走腑句，腑字颇难索解，若根据素问及难经，则此腑字当指气街，曰循太阴之分，观下文手太阴句，则知此是足太阴。还之阳明句，观下文有足阳明句，则知此处为手阳明，其云常与营俱行于阳二十五度，行于阴亦二十五度，五十度而复会于手太阴，是其所言者，即是卫气(阴阳各二十五度，详灵枢卫气行篇可参考，文繁不备录)，盖惟卫与营俱行，证之他处，无三焦与营卫俱行之文也，惟岐伯谓营出于中焦，卫出于下焦，而言上焦独详，似中下焦统于上焦者。难经谓三焦者，水谷之道路，气之所终始，正与灵枢此节相合，出于胃上口，并咽以上，贯肠，而布胸中，是说水谷之道路，走腑以下至复会于手太阴矣，是说气之所终始，如此解释，未尝不言之成理。
其云中焦是营气，曰泌糟粕，蒸精液也，云化其精微，上注于肺，则仍是上焦如雾之事，不过其所主者，谓营出于中焦，故如此说，不得泥定地位，致与上焦纠缠不清，其云上注于肺者为血，行于经隧者为营，经隧即奚谷谷肌肉之分，脏器得此而滑润，故古人谓营为内部湿润之气。今日有西闽学说，则知微细血管有渗润，淋巴液有循环，可以补我国古书之不足，而营字真确解释，自当以微细血管中之渗出液当之。其言下焦，意义自明，综以上所言者观之，三焦，言水谷之出入，与其精微化为营卫之大略者也，其言上焦自胃上口并于咽以上，自胃上口下至于肠，复自肠上至胸中，不限于中脘以上之地位也。中焦起于胃中，化精微上入于肺，化血复从血中分泌液体，行于偏身之经隧，不限于中脘之地位者也。三焦之可以分别言也，大略如此，与温病条辨之言三焦，丝毫无相通之处，条辨颇推崇叶天士，其云凡病温者，始于上焦，在手太阴，是即天士之温热论开卷第一条，所谓温邪犯肺，逆传心包络者也。以手太阴为上焦地位，未尝不是，肺原属脏腑之最高者，然灵枢则明言中焦化精微上注于肺脉，鞠通岂未之见乎。又其全书用药以轻者归上焦，重者归中焦，尤重者归下焦，纯以地位为主，不问营卫气血，亦与灵枢不合，灵枢固主营卫，不主地位者也，然则苟非鞠通不曾懂得营卫生会篇文字，即彼所谓三焦者，不是生会篇之三焦。吾乃偏考他处之言三焦者。
(一)灵枢本输篇云，三焦者，中渎之腑也，水道出焉，属膀胱，是孤之腑也。是六腑之所与合者。
(二)难经三十八难，腑所以有六者，谓三焦也，有原气之别也，主持诸气，有名而无形，其经属手少阳，此外腑也。
(三)灵枢经脉篇，三焦手少阳之脉，起于小指次指之端，上出两指之间，循手表腕，出臂外两骨之间，上贯肘，循孺外上肩，而交出足少阳之后，入缺盆，布膻中，散络心包，下膈循属三焦。其支者，从膻中上出缺盆，上项系耳后，其上出耳上角，以屈下颊至顺。其支者，从耳后入耳中，出走耳前，过客主人前，交颊至目锐眦，是动则病耳聋，浑浑焞焞嗌肿喉痹；是主气所生病者，汗出，目锐眦痛，颊痛，耳后肩蠕肘臂外皆痛，小指次指不用。
灵素言三焦者，大都不外以上三节，自余如素问六节藏象论，灵兰秘典等篇，偶然涉及，无此详也。第三节灵枢经脉篇所言，最不易明了，然中医实以此为根本，不明经络，无以言医，然求之今日医界中人，不过能已诵而已，若深明其理，则自古医籍中已无之，遑论今日，兹为释疑辨惑起见，为言其原理，俾读者可以自修而止。至于详细，余不能言也，凡经络云自某处迄某处，经某处者，皆从病与生理之形能来，例如灵枢经脉篇之言三焦，前半所说，均从后半病形产生，先有耳聋嗌肿喉痹之病，相其阴阳，辨其深浅，定为手少阳之病，复视其兼证有目锐眦痛颊痛，耳后肩孺肘臂外痛，小指次指不用，于是定诸痛处为手少阳之经，其中复有错综交互，如云交出足少阳布膻中散络心包，是手少阳一经，与足少阳手厥阴有交互关系也，所谓经气，亦如血行，如环无端，不知其所自始，然躯体而有病，必有其始病之处，又必有其痛苦之区域，从其区域分之，因有十二种，从其始病言之，因有手六经足六经，例如疟疾之形寒，有从背起者，右从手起者，其明证也。古人最讲究针灸，而砭石又在针灸之前，以事理推断之，必有甚深远之历史，惜鄙人读书不多，不能考证耳。度此事之缘起，必如今日妇竖皆知之刮痧，其后演进而为砭石，再进而为针灸，十二经之井荥经俞，则多从针灸之成效而定名，故今日已不能知其最初得此之所由，嗣后由针灸而汤药，则为道稳而取效亦神，则属最后之进步矣。今日吾人所当之者有二事，其一，古代所传之汤药，其用法皆隶于经络，某经病当用某药，从之则效，违之则否，故当用葛根者，不得用麻黄，当用大黄者，不得用巴豆，非如西药仅言汗下，无复别择，此治中医所以不可不讲十二经。其二，健体之经气不可见，逆之则见，而经气之所以逆，由于气候之六淫者三之一，由于起居饮食者三之一，由于七情者三之一。故寒暑病人、饥饱病人、意志拂逆病人，不逆经气，则能遂其生而尽天年；逆经气，则不能遂其生而夭折，所谓有道之士，善养生者，能遂其生而已矣，上工治未病，能知经气之顺逆及其未病，拨乱返正而已，此十二经原理之大略也。经气不可见，逆则见之于病能，循经治病谓之工，然非上乘，能知若何便逆经气，若何便顺经气，守顺避逆，乃真上乘。素问上古天真论所言，乃上乘也。西国最新发明者曰细胞曰内分泌，其实经气较之二者尤精，惜乎古文太简，灵枢之学说，又真伪参半，果能董而理之，发挥而光大之，则中西携手之后，西国医学当更进一步，此则欲于医学有所发明，尤不可不知经气。今之反对中医者，谓中国医学不能出国门一步，固非定论。而业中医者，惟因饭碗问题，惟恐中医被取谛，妄欲结乌合之众以为党，以与潮流相抗，而号于众曰，吾欲保存国粹，彼等野狐禅之医学，岂是国粹，亦安有保存之希望，若真国粹，决不消灭，何劳保存，谓中医将灭亡者，杞人忧天而已。今姑置此，而言三焦，然则三焦有三种，其一，三焦者，决渎之官，专指分泌尿汁说，其二，三焦者，水谷之道路，气之所终始，专指消化力与卫气说，其三，三焦为手少阳经，为十二经中之一。滑伯仁、徐灵胎皆云，言决渎之官者，为下焦气化之三焦。言手少阳者，是有名无状之三焦。言消化与卫气者，是有名有？状之三焦。准此以谈，是古人定名不讲究也，然无论何种，与温病条辨皆不合，是温病条辨之三焦，乃第四种三焦。
假使有精当之学理，真确之经验，原不妨于古人所言者之外，别树一帜，然必其所言者，与古人相发而后可，如其与古人所言相背，则必古人所说之理论不圆满，吾能证明其误处而后可，若表面崇古，里面反古，用以欺世敛钱，原滔滔皆是，不足深责，著书垂后，则其罪不胜诛矣。今温病条辨上焦篇曰：凡温病者，始于上焦，在手太阴。鞠通自为注曰：“古来但言膀胱主表，殆未尽其义。肺者，皮毛之合也，独不主表乎。……温病由口鼻而入，自上而下，鼻通于肺，始手太阴。"此语实弗解之至，愚按古人言脏腑与经气者有别，盖脏腑是实体，经气是气化，六淫之邪，中人而为病，言气化不言实体，内经言“邪风之至，疾如风雨(此邪风字不问从西北东南来)，故善治者治皮毛，其次治肌肤，其次治筋脉，其次治六腑，其次治五脏，治五脏者，半死半生也。故天之邪气感，则害人五脏。水谷之寒热感，则害于六腑，地之湿气感，则害皮肉筋脉。”此节经文与上文阴阳及东南西北各节息息相通，所谓“阴阳更胜之变，病之形能也。”治皮毛谓病在皮毛也，不是言肺之合，是言躯体之外层，其次在肌肤，言稍进，非言脾之合；其次言筋脉，言更进，非言肝之合；其次在六腑，言入里，其次在五脏，言里之无可再里。假使指皮毛为肺之合，肌肤为脾之合，筋脉为肝之合，则六腑为何者之合乎，是不可迩。又认皮毛为肺之合，是必邪风之害人，初一步肺受之，继一步传之脾，继一步传之肝，继一步传于六腑而后可，证之实际，无论伤寒温病，皆不尔，是更不可通。是故自来释伤寒论者，开口即言太阳是膀胱，鄙人绝对不敢苟同，是故讲义解释太阳病，直曰太阳者，躯体之最外层，今日凡病温者始于上焦，在手太阴，此何说也。其次不可解者，为伤寒从毛窍入，温病从口鼻入。大约鞠通创温病自口鼻入，为其最得意之语，不知此说，绝不可通，试逐层推敲之。(一)内经言凡热病皆伤寒之类，凡邪风之害人，皆始于皮毛，今言从口鼻入，由里出外，是必温病在内经凡热病三字范围之外而后可。(二)既言从口鼻入，鼻通于肺，故在手太阴，然则口通于脾，不在足太阴乎。(三)经言天之邪气感，则害人五脏，此言木治皮毛，即有害五脏之可能，所谓病能也。曰水谷之寒热感，则害于六腑，此真从口入者，更证之于实验，饮冰而洞泄，触秽而为霍乱，空气中微菌传染为各种疫病，此真从口鼻入者，若云天之邪气感，亦有从口鼻入者，于内经无征。(四)鞠通谓伤寒言中风，是西北方之寒风，彼所言之温病，风为火母，乃从东南方来解冻之温风，寒风从毛窍入，温风从口鼻入，不知出何典记，有何理由，诚咄咄怪事。就温病条辨之第一条略为钩稽，其不可通已如此。而党于鞠通者，方浓圈密点，大赞不已，将谓天下后世人无不可欺，不亦慎者。(《温病明理》)
柴按：1·上为温病明理卷二之全文，题为作者所加。此篇对中医原有三焦之本义，探讨颇为详明，恽氏目的，在于先明了中医三焦之本义，然后证明吴鞠通之三焦，出自杜撰。吴鞠通认为温病从上而下，伤寒从外入里，章巨膺曾斥为“神昏沾语”。孰是孰非，值得讨论。叶派并不否定温病有伏气温病、新感温病二种。伏气温病，不是从上而下，这是相当明确的。新感温病是否都首先犯肺？即举湿温先犯足太阴足阳明一例，亦已足证其非。即此论之，恽氏抨击吴鞠通之三焦说，谓开首第一条就已不通，是有道理的。
2·中医在古代把脑的生理病理归属于心，至王清任提出灵机记性在脑不在心的论点后，被后世医家认为是对中医学的一大贡献。恽氏说：“神昏诂语是心包络病，乃想当然之语，于实际无有是处。谓是脑筋错乱，亦尚可商。”这与王清任的观点，可以说是—一脉相承。叶派每将温热病之神昏诂语，说成是逆传心包，从现在的观点来看，这样解释病理，似不及恽氏的解释为合理。又按；营卫生会篇原文贯膈认作贯肠，则误在恽氏。