《温病条辨》说；“伤寒由毛窍而入，自下而上，始足太阳。足太阳膀胱属水，寒即水之气，同类相从，故病始于此。治法必以仲景六经次传为祖法。温病由口鼻而入，自上而下，鼻通于肺，始手太阴。太阴金也，温者火之气，风者火之母，火未有不克金者，故病始于此，必从河间三焦定论。”这就是说：伤寒是感受寒邪而致，温病是感受温邪而致，二者在病因上有不同；伤寒始于足经，自下而上，温病始于手经，从上而下，二者在病理上也有不同，伤寒分证，必按六经定法，温病分证，必从三焦定论，二者在辨证上也是有不同，既然病因、病理、辨证等方面都不同，治疗自然亦不同。鞠通认为上述种种之不同，不是初异后同，而是始终对立。所以，他在中焦篇，仍然强调“彼此对勘”。我们知道，仲景治阳明病，主以白虎承气。鞠通治阳明病，也用白虎承气。在伤寒化热，传入阳明之后，实际上已没有什么寒温之不同了。但鞠通不承认这一事实，认为仲景之运用白虎承气，是治伤寒，而他的运用白虎承气，是治温病，他说：“伤寒伤人身之阳，故喜辛温甘温苦热，以救其阳；温病伤人身之阴，故喜辛凉甘寒甘咸，以-救其阴。”他为了说明阳明病阶段仍有这种区别，所以特地减少大承气汤中厚朴的剂量，并加注指出：“厚朴分量不似《伤寒论》中重用者，治温与治寒不同，畏其燥也。”鞠通不但认为在到了同样用大承气汤治疗阳明腑实证的时候，仍有“治寒治温之不同”(厚朴温燥，鞠通认为治伤寒之阳明腑实可以重用，治温病之阳明腑实则不可重用)，而且，在外感热病到了末期，邪入少阴，出现癸水受伤，脉见结代的时候，仍有寒温；之不同，所以他说：治温病之运用复脉汤，应当“去参、桂，姜、枣之补阳，加白芍收三阴之阴，故云加减复脉汤。在仲景当日，治伤于寒者之结代，白有取于参、桂、姜，枣，复脉中之阳，今治伤于温者之阳亢阴竭，不得再补其阳也。”鞠通之所以制加减复脉汤一方，并减少大承气汤中厚朴之用量，其目的都是为了区别寒温之异治，这种做法，充分地反映出了他“寒温始终不同”的观点。
鞠通在《温病条辨》中，曾多次提及《伤寒六书》，加以抨击，实际上对寒温异同的看法，陶节庵到是对的，而“寒温始终不同”的观点，到是错的。陶氏认为：寒温之异，在表证不在里证。他说：“春分后，夏至前，不恶寒而渴者为温病，用辛凉之药微发汗。里证见者，用寒凉之药急攻下。切不可误汗误下，当须识此。表证不与正伤寒同治，里证同。”“夏至后有头疼发热不恶寒而渴者，为温病，愈加热者为热病，止用辛凉之药解肌，不宜大汗。里证见，急攻下。表证不与正伤寒同治，里证同。”“立秋后霜降前，有头痛发热不恶寒，身体痛小便短者，为温病，亦用辛凉之药，亦不宜汗。里证见者，宜攻下。表证不与正伤寒同治。"这是具有一定见地的。·伤寒初起见表证时，宜辛温解表；温病初起见表证时，宜辛凉解肌。所以陶氏说温病表证不与正伤寒同治，寒温二派对这一点很少异议。但对里证是否亦与正伤寒同治，则鞠通与陶氏之见解，是有出入的。实际上，伤寒由太阳而传入阳明，表证罢而里证见，这时与温病不见表证而只见阳明里证者，病机实无二歧，故陶氏温病里证治法与伤寒同的说法是正确的。这一观点，连章虚谷及金寿山氏都表赞同，章氏说：“温病初起，治法与伤寒迥异。伤寒传里，变为热邪，则治法与温病大同。”金氏也说：“伤寒与温病治法之异，主要在初起见表证时。”所以，鞠通“寒温始终不同”的观点，是难以令人苟同的。
鞠通为了人为地将寒温始终相对立，著书好寒温对峙立论，在《温病条辨·凡例》中，他说：“《伤寒论》六经由表入里，由浅及深，须横看。本论论三焦由上及下，亦由浅入深，须竖看，与《伤寒论》为对待文字，有一纵一横之妙。”实际上也未必。我们知道，《伤寒论》的阳明病，有太阳阳明，少阳阳明，正阳阳明之不同，所谓正阳阳明，就是阳明本经自病。而温病的阳明病，也不一定都是先从太阴肺经传来的，如鞠通最崇拜的叶天士，就说“夏暑发自阳明”。鞠通自己也说有“湿热受自口鼻，由募原直走中道”的。所以，同样的外感热病，同样的发自阳明，同样的以白虎承气为主方，在这种无不同可分处，硬分出寒温异治之不同来，实在是毫无意义的。
鞠通之误，误在不知伤寒六经，须分传中。须知所传俱热、所中俱寒，如果说阳明中寒证以及寒邪直中少阴诸证，与温病的阳明证、少阴证，要对看，在这一基础上，说：“伤寒伤人身之阳，故喜辛温甘温苦热，以救其阳，温病伤人身之阴，故喜辛凉甘寒甘咸，以救其阴。”则自无可议。然鞠通不分传中，认为六经诸证，病即热化，邪仍属寒，在到了同样用大承气汤的时候，仍寒温对勘，并减轻厚朴用量以示寒温之异治，这种做法，纯系人为，不合事实。明乎此，则于少阴温病、邪退正虚、脉见结代而需要运用复脉汤时，是否必须去掉参、桂、姜、枣，实大可不必受“寒温始终不同”观念之束缚。须知阴阳有互根之理，热病后期，在邪退正虚，脉见结代之际，心之阴阳每二不足，故仲景复脉，养阴养阳；两不偏废。当然，鞠通之加减复脉汤，对于阴伤偏多，并有余热虚热者，酌加知母之类，固亦合适。但若谓原系伤寒，故复脉可用参、桂、姜、枣，原系温病，用复脉即当去此，则大谬。至于鞠通治伤于温者之阳亢阴竭，在热邪尚盛之际，不用大补阴丸，滋阴地黄丸诸法而竟投加减复脉汤之纯补，亦未免过泥养阴敌阳，壮水制火之说。然凡此之类，以其不关本文论旨，且书中瑕疵极多，本难数纸可尽，余有感于此，已另著《温病条辨百误》以详驳之，故此处仅因论复脉而顺及之，不复多作详述。