就在傅青主的家庭连遭不幸的同时，大明王朝也即将走到了他的尽头，傅青主在这一年和几个同学去拜访了一位一百多岁的老和尚，这位老和尚曾经在辽东逗留过，傅青主他们非常想知道明军与清兵的交战情况，就问这位和尚：“熊廷弼大人在辽东怎么样啊？”
只见这位老和尚仰天长叹：“好个熊经略，好个熊经略！”然后伏地叩拜，半天不起，当他再次起身时，只见他已经是泪流满面了。
傅青主等人都被这位老和尚的举动所震撼了，忙问缘故，原来，熊廷弼被朝廷奸人陷害，已经被崇祯皇帝处以死刑了。
那天，大家的心中都感到了无比的沉重，每个人都似乎预感到了大明王朝的衰败。
同年，傅青主参加了乡试，没有中，那位老和尚前来道喜，傅青主感到很郁闷，心想这位拿我开心呢吧？就说：“老和尚你搞错了，我没中！”
老和尚很认真地说：“对，就是因为你没中，所以我才道贺！”
傅青主听了，恍然大悟，从此放弃了科举的念头。
在这些年里，傅山写出了《两汉书人姓名韵》这样一本专业书籍，此书考据严谨，工程浩大，是不下一定的功夫难以完成的著作，随后，他又写了《性史》一书，注意，这本《性史》不是写男女关系的，而是写心性的问题，探讨“孝友之理”，“取二十一史应在孝友传而不入者，与在孝友传而不足为经者，兼及近代所闻见者”，是一本纯粹的学术研究著作。
这个时候，唯一让人感觉有些兴奋的事情就是，三立书院发来了邀请，请傅青主去做老师，给学生们讲课。
这似乎是好事，要知道现在毕业能够留校任教也是好差事，可是，傅青主却怎么也乐不出来，因为，李自成已经马上要打过来了（或者说是已经打过去了）。
学校让傅青主等老师讲课的内容居然是军事教育等，有什么火攻、守城之类的。
也不知道文人傅青主老师的讲课效果如何，总之文献中只留下了他评价当时教育政策的一句话：“迂哉，蔡公（当时的巡抚，兼管三立书院的工作）之言，非可以起而行者也。”
其实这句话说的很空，也没有提出自己的见解，反正评价别人迂也好，自己迂也好，此刻都不管什么用了，因为天下的趋势已经无人能够阻拦了！
相信任何处在明清交替时期的人都会感到无比困惑的，因为时局变化得太快了，公元1644 年，也就是著名的甲申年，三月的时候李自成攻克了北京，崇祯皇帝上吊自尽了，明 朝灭亡，正当这些忠于明朝的文人痛骂李自成的时候，五月份清兵就进驻了北京，然后清兵就横扫中原，估计当时的老百姓只能看见军队打来打去，估计都快分不清到底是谁打谁了。
清兵杀过来后，斗争的矛盾性质就变了，原来还是中原的内讧呢，这可就是外族入侵了，虽然现在满族已经和我们是一个大家庭了，我还有若干个哥们儿的老婆是满族人，但是那时候的认识可不是这样，否则您就没法儿理解为什么那么多人宁可掉脑袋也要抗争到底，那个时候人们对清兵的愤恨，和后来对日本兵的愤恨是一种性质的，抵抗外侮的。
就在眨眼之间，文人心中的支柱，大明王朝覆灭了，取而代之来统治自己的居然是些骑着马的外族人。
这对傅青主来说才是无比巨大的真正的打击，甚至他整个一生都没能从这种阴影里走出来。在那些日子里，傅青主在数次努力参与抗争斗争后，感觉凭自己的力量是无法与整个局势抗衡的，怎么办？清兵此时开始要求所有的汉人剃头了，难道自己也要被剃成一个瓜皮头？那可真是奇耻大辱啊，怎么办呢？
此时，另一位医生喻嘉言的办法是：出家当和尚。
傅青主和喻嘉言的办法有着异曲同工之妙：出家当道士。
就在这一年，傅青主三十八岁，他上五峰山，拜还阳真人郭静中为师，出家做了道士。