| 卷一·医学溯源 [分卷阅读] | |||
| 养生 | 稽古 | 阴阳 | 水火 |
| 生克 | 运气 | 脏腑（附：腔子、脂膜） | 经络（附：骨、筋、爪、皮、肌、肉、腠理、窍） |
| 卷二·医学溯源 [分卷阅读] | |||
| 望色 | 聆音 | 辨脉 | 审证 |
| 治法 | 医则 | 病箴 | |
| 卷三·伤寒提钩 [分卷阅读] | |||
| 伤寒提钩 | |||
| 卷四·伤寒析疑 [分卷阅读] | |||
| 倒序 | 错简 | 传误 | 脱佚 |
| 衍文 | 字讹 | 注辨 | 方考 |
| 会通 | 问难 | 阙疑 | |
| 卷五·杂证汇参 [分卷阅读] | |||
| 伤风 | 暑 | 湿 | 燥 |
| 温热 | 疫 | 斑疹痧 | |
| 卷六·杂证汇参 [分卷阅读] | |||
| 中风 | 类中 | 虚劳 | 血证 |
| 吐咳血 | 衄血 | 便血 | 溺血 |
| 卷七·杂证汇参 [分卷阅读] | |||
| 脾胃 | 饮食 | 噎隔反胃 | 呕吐（附吐矢） |
| 吞酸 | 呃 | 三消 | 嘈杂 |
| 关格 | 郁 | ||
| 卷八·杂证汇参 [分卷阅读] | |||
| 疟 | 肿胀 | 痞满 | 积聚 |
| 疸 | 霍乱 | 痧胀 | |
| 卷九·杂证汇参 [分卷阅读] | |||
| 痢 | 泻（附肠鸣） | 大便 | 小便 |
| 遗精 | 淋浊 | 阳痿 | 疝 |
| 脱肛 | |||
| 卷十·杂证汇参 [分卷阅读] | |||
| 痰 | 饮 | 咳嗽 | 喘（附短气少气） |
| 哮 | 喑 | 惊恐怔忡 | 健忘 |
| 不寐（附欠） | 癫狂痫 | 厥 | 肝风 |
| 眩晕 | 汗 | ||
| 卷十一·杂证汇参 [分卷阅读] | |||
| 面 | 脑 | 须发眉 | 目 |
| 口（附唇） | 舌 | 齿 | 鼻（附嚏） |
| 耳 | 咽喉 | 头痛 | 颈项强痛 |
| 肩背臂痛 | 心胃痛 | 腹痛（附脐痛） | 胁痛 |
| 腰腿痛 | 诸痛 | ||
| 卷十二·杂证汇参 [分卷阅读] | |||
| 痉 | 痿（附拘挛、瘫痪） | 痹（附麻木、痒、鹤膝风） | 脚气 |
| 胸痹 | 肺痹 | 肺痿肺痈 | 诸虫 |
| 邪祟 | 诈病 | 补遗 | |
| 卷十三·女科原旨 [分卷阅读] | |||
| 月经 | 求嗣 | 带下 | 崩漏 |
| 胎前 | 堕胎半产 | 临产 | 产后 |
| 杂病 | |||
| 卷十四·幼科集要 [分卷阅读] | |||
| 纲领 | 初生 | 胎证 | 惊风证治总论 |
| 杂病 | |||
| 卷十五·痘疹精华 [分卷阅读] | |||
| 痘科纲领 | 因期施治 | 证治要略 | 余义 |
| 疹 | |||
| 卷十六·方药备考 [分卷阅读] | |||
| 方论 | 内经方论 | 伤寒伤方论 | 方杂证方论 |
| 药药略 | |||