凡本院习业分十三科，自御医以下，与医土医生各专一科。
凡本院院使、院判、御医，日于内府御药局分两班轮直供事。
凡医士俱以父祖世业代补，或令在外访保医官、医士以充，其精通医术者，本院奏进御药局供事。
凡收受四方进贡及诸蓄上用药品，俱于内府收掌供用。药饵国初令医官就内局修制。本院官诊视御脉，御医参看校同，会内臣就内局合药，将药贴连名封记，具本开泻本方药性、治证之法于日用之下，医官、内臣书名以进，置簿历，用中书省印合缝进药。奏本既具，随即附簿，年月下书名，内臣收掌，以凭稽考。烹调御药，本院官与内臣监视，每二服合为一服，候熟分为二器，其一器御医先尝，次院判，次内臣，其一器进御。
凡各王府差人请医视疾，本院奉旨差官或医士往视。若文武大臣及外夷酋长有疾，亦奉旨往视，其治疗可否，皆具本覆奏。或军中缺医，亦凭总兵巡抚官奏请拨用。
凡医家子弟，旧例选入本院教习医术，弘治五年奏复行之，推堪任教师者二三人教习。每季考试，三年或五年堂上官一员同医官二员考试，通晓本科者收充医士，食粮当差；未通晓者听令习学一年再试，三试不中者黜之。若五年考试成材多，其教师奏请量加升授。
凡医士医生，洪武间各有额数，其后增减不一，俱于本院修合药饵。若医官医士仍差委各处用药。
东直房（医士三十六名）安乐堂（医官三员医士三十六名）司礼监（医士二名）书堂（医士六名）干明门（医士三名）浣衣局（医士二名）天寿山（医士二名）松林灵台（医士三名）团营（医官一员医士十二名）五军营（医士三名）三千营（医士四名）锦衣卫（医士三名）神机营（医官一员，医士四名）府军前卫（医士三名）惠民局（医士三名）会同馆（医士三名）大慈恩寺（医士三名）宣府（医士一名）紫荆关（医士二名）居庸关（医士一名）龙门千户所（医士一名）万全右卫（医士一名）怀来卫（医士一名）山海关（医士一名）广宁卫（医士二名）寺子峪（医士一名）开原（医士一名）永宁卫（医士一名）独石（医士一名）倒马关（医士一名）白羊口（医士一名）
凡医士食粮月支七斗，医生月支四斗，医官先年月支二石，弘治间照医士例止支七斗。
凡各王府缺良医，从本院推举医士，送吏部选用。
凡本院取充医役者，洪武以来例免原籍民差。弘治二年令御药局供事者免二丁，本院应役者免一丁。
凡医官生理残障，及年七十以上不堪应役者放免。
凡天下岁办药材，俱于出产地方派纳，永乐以后，例共五万五千四百七十四斤。成化以来，其数渐增，今共计一十六万三千五百五十七斤有零，蜈蚣、蛇六十四条，蛤蚧、天雄二十一对，虫蛀木瓜二十个。
【浙江布政司】三万一千八百五十一斤七两，金箔一百八贴，银箔七十二贴。
【江西布政司】七千五百五十六斤一十二两。
【湖广布政司】四千八百四十九斤七两七钱二分六厘，白花蛇九条，乌蛇十条。
【福建布政司】二千七百六十五斤一两九钱一分。
【四川布政司】一万六千四百二十斤八两，天雄四对。
【广东布政司】九千九百二十九斤三两四钱，蛤蚧一十七对。
【广西布政司】九千七百二十三斤一十两。
【山西布政司】八千九百五十五斤四钱五分。
【山东布政司】八千七百三十八斤六两。
【河南布政司】八千六百四十九斤四两。
【陕西布政司】一万一千七百四十四斤七两。
【辽东都司】八百斤。
【应天府】三千六百五十八斤八两。
【镇江府】三千七百一十七斤六两六钱，赤头蜈蚣四十五条。
【苏州府】一万八千七十九斤三两。
【松江府】一千四百四十斤。
【徽州府】九百四十九斤八两。
【宁国府】四千九百九十四斤一十两二钱，乌烂虫蛀下木瓜二十个。
【太平府】一百八十一斤七两六钱。
【池州府】六百一十三斤。
【凤阳府】二千七斤。
【扬州府】七百四十五斤三两二钱。
【淮安府】三千一百二十七斤八两。
【庐州府】八十五斤一十二两五钱九分。
【安庆府】四百五十八斤。
【广德州】六百三十斤。
【滁州】一千五百九十二斤一十一两二钱五分。
【徐州】六十三斤。
【和州】二百二十三斤一十四两。
【永平府】二百一十五斤。
【庆州】七百斤。
【保安州】七百斤。
【大名府】一千五十斤。
【河间府】二千一百七十七斤。
【保定府】五十斤。
【真定府】七百六十五斤。
凡天下解纳药材，俱贮本院生药库，以御医二员与大使一员辨验收放，礼部仍委官一员监收。
至年终照例造册二本，一留本院备照，一送礼部查考。
凡药材如丹砂、鹿茸等项，先因在外镇守等官额外进贡，沿途害人，成化二十三年诏禁止勿进。
凡军中马病，本院给与药饵。
凡天下府州县举到医士，堪任医官者，俱从礼部送本院考试，仍委该司官一员会考。中者送吏部选用；不中者发回原籍为民，原保官吏治罪。
凡本院合用纸札，俱令府州县举到医士考中者量纳应用，后不行，成化十八年奏准仍照旧例。